PREDIKSI STRUKTUR 2-DIMENSI NON-CODING RNA DARI BIOMARKER KANKER PAYUDARA TRIPLE-NEGATIVE DENGAN VIENNA RNA PACKAGE
ABSTRAK: Berdasarkan data WHO,
kanker adalah penyakit yang paling berbahaya. Dewasa ini para peneliti sedang
berusaha memahami mekanisme molekular kanker. Berdasarkan dogma sentral, hanya
protein coding gene yang diketahui fungsinya, sementara non-coding gene belum
dapat dijelaskan. Kemudian, diketahui bahwa non-coding RNA (ncRNA) berperan
dominan dalam regulasi molekular sel, sehingga berpengaruh secara langsung
kepada proliferasi kanker. Dalam hal ini, instrumen RNA-seq maupun Tiling Array
sudah mengumpulkan banyak data biologis dan mendeposisikannya kepada database
genom. Diketahui bahwa, ncRNA tidak hanya dapat berperan sebagai biomarker
untuk diagnostik kanker, namun juga akan dapat dikembangkan sebagai agen
terapeutik. Kanker payudara memiliki empat subtipe molekular, yaitu luminal A,
luminal B, Her-2 dan triple negative/basal-like. Kanker Payudara
Triple-negative (TNBC) merupakan penyakit yang sangat berbahaya dan belum
ditemukan pengobatan yang efektif. Memahami mekanisme dan struktur ncRNA pada
Biomarker TNBC merupakan langkah awal untuk menentukan agen terapeutik dan
propilaksis terbaik. Diketahui bahwa jalur ekspresi lincRNA-RoR/miR-145/ARF6
berperan dalam proliferasi TNBC. Berdasarkan pencarian di GenBank,
ditemukan lema-lema ncRNA untuk jalur
tersebut. Hasil pencarian diolah dengan software Vienna RNA Package, untuk
ditentukan struktur 2 dimensi (2-D) yang solid. Kedepannya, diharapkan dengan
mencegah terbentuknya struktur 2-D tersebut, maka semua gen tersebut akan
menjadi tidak aktif dan menghentikan proliferasi kanker.
Penulis: Arli Aditya
Parikesit, Dito Anurogo
Kode Jurnal: jpkimiadd160393
