ISOLASI DNA METAGENOMIK DALAM RANGKA STUDI METANOGENESIS PADA TANAH SAWAH

Edit
ABSTRAK: Metagenomik  merupakan  suatu  pendekatan  baru  dalam  analisis  genom  yang  kompleks  dalam  lingkungan, yang diawali dengan isolasi DNA total langsung dari sampel lingkungan. Pada penelitian ini telah dilakukan isolasi DNA  total  dari  sampel  tanah  sawah.  Lahan  pertanian  diketahui  menyumbang  76%  dari  total  gas  metana (CH4).Tujuan  penelitian  ini  adalah  untuk  memperoleh  DNA  metagenomik  yang  diisolasi  dari  tanah  sawah  dalam rangka  studi  metanogenesis.Isolasi  DNA  metagenomik  dilakukan  dengan  menggunakan  metode  lisis  sel  secara langsung dan tidak langsung. Isolasi DNA metagenomik dengan metode lisis sel secara langsung dilakukan dengan melisis  langsung  sel-sel  yang  terkandung  dalam  sampel  tanah  sawah  diikuti  dengan  pemisahan  DNA  dari  matriks tanah  dan  puing-puing  sel.  Isolasi  DNA  metagenomik  dengan  metode  lisis  sel  secara  tidak  langsung  dilakukan dengan terlebih dahulu memisahkan sel-sel dari sampel tanah sawah diikuti dengan lisis sel. DNA metagenomik hasil isolasi  dianalisis  dengan  elektroforesis  gel  agarosa  dan  spektrofotometri  UV-Vis  dengan  pengukuran  absorbansi padaλ  230,  260,  dan  280  nm.  Hasil  penelitian  menunjukkan  bahwa  DNA  metagenomik  dapat  diisolasi  dari  sampel tanah  sawah  dengan  menggunakan  metode  lisis  sel  secara  langsung  maupun  secara  tidak  langsung.  Hasil elektroforesis menunjukkan kualitas DNA total yang diperoleh dengan metode lisis sel secara tidak langsung relatif lebih  sedikit  terfragmentasi  dibandingkan  dengan  metode  lisis  sel  secara  langsung.  Hasil  analisis  spektrofotometri menunjukkan  bahwa  DNA  total  hasil  isolasi  dengan  metode  lisis  sel  secara  tidak  langsung  lebih  banyak terkontaminasi asam humat dibandingkan dengan metode lisis  secara langsung. Namun demikian, DNA hasil isolasi dengan metode lisis sel secara tidak langsung lebih sedikit terkontaminasi protein dibandingkan dengan metode lisis  secara langsung.
Kata kunci: DNA metagenomik, metanogenesis, tanah sawah
Penulis: Ni Luh Putu Mustika Praptiwi, Iryanti Eka Suprihatin, dan I Nengah Wirajana
Kode Jurnal: jpkimiadd140551

Artikel Terkait :