DESAIN PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI GEN katG MULTIDRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS (MDR-TB) DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
ABSTRAK: Tuberkulosis, penyakit utama
di dunia, merupakan
salah satu penyakit
infeksi yang mewabah. Permasalahan makin rumit dan
diperberat dengan adanya strain
Mycobacterium tuberculosis yang resisten terhadap obat anti
tuberkulosis (OAT), seperti
isoniazid (INH). Mutasi
pada gen katG
adalah mekanisme utama
penyebab resistensi INH pada sebagian
besar strain. Amplifikasi DNA
pada gen katG Mycobacterium tuberculosis
dilakukan dengan metode PCR
untuk mendeteksi adanya
mutasi. Sepasang primer
yang spesifik (forward
dan reverse) merupakan faktor
terpenting untuk membatasi daerah target yang akan diamplifikasi. Pendesainan
primer dilakukan untuk menghasilkan primer
spesifik yang diinginkan.
Penelitian ini bertujuan
mendesain primer spesifik
untuk mengamplifikasi fragmen target pada gen katG. Desain primer secara
in silico menggunakan Clone Manager Suite 6. Sekuen DNA
yang digunakan sebagai
templat dalam penelitian
desain primer ini
diunduh dari situs www.ncbi.nlm.nih.gov. Gen
katG M. tuberculosis
H37Rv dengan kode
genbank : X68081.1
yang dipilih sebagai templat. Studi
ini berhasil mendesain
primer forward (5'
GAAGTACGGCAAGAAGCTCTC 3') dan
reverse (5' CGTGATCCGCTCATAGATCG
3') dengan panjang primer masing-masing 21 dan 20 nukleotida. Sepasang primer ini telah
memenuhi persyaratan primer
yang baik yaitu
panjang primer, nilai
Tm, persentase kandungan
GC, tanpa hairpins, keterbatasan
adanya dimers dan runs. Kesimpulan
penelitian ini telah memperlihatkan bahwa primer yang telah berhasil didesain
secara in silico, dengan tepat mampu mengamplifikasi fragmen gen katG sebesar
724 pb.
Kata kunci: Desain primer, PCR,
Gen katG Mycobacterium tuberculosis, in silico, Clone Manager Suite 6
Penulis: Putu Tedi Suryadi,
Ketut Ratnayani , dan Sagung Chandra Yowani
Kode Jurnal: jpkimiadd140542
