DESAIN PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN inhA ISOLAT 134 MULTIDRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS (MDR-TB) DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION
ABSTRAK: Penelitian ini
bertujuan untuk memperoleh sepasang primer terbaik hasil desain secara in
silico menggunakan program Clone Manager Suite 6 (University of Groningen).
Primer ini didesain untuk digunakan dalam mengamplifikasi fragmen gen inhA
isolat klinis Multidrug Resistance Tuberculosis (MDR-TB) mencakup kodon 94
(nukleotida 280-282). Kodon 94 gen inhA merupakan posisi yang sering mengalami
mutasi dan mengakibatkan koresisten terhadap isoniazid dan ethionamid. Desain
primer menggunakan sekuen gen inhA Mycobacterium tuberculosis yang diperoleh
dari situs www.ncbi.nlm.nih.gov (GenBank : AF106077). Hasil desain diperoleh
sepasang primer terbaik dan diuji secara in vitro menggunakan metode Polymerase
Chain Reaction (PCR). Template DNA yang digunakan adalah isolat klinis MDR-TB.
Proses amplifikasi diawali dengan denaturasi awal pada 95°C selama 15 menit dan
diikuti oleh 45 siklus amplifikasi (denaturasi pada suhu 94°C selama 1 menit,
annealing pada 56°C selama 1 menit 20 detik dan elongasi pada 72°C selama 2
menit) serta diakhiri dengan elongasi akhir pada 72°C selama 10 menit. Produk
PCR dideteksi menggunakan elektroforesis gel agarosa 1,5%. Kesimpulan
penelitian adalah diperoleh sepasang primer terbaik berdasarkan kriteria pada
program Clone Manager Suite 6 (University of Groningen), meliputi: panjang
primer, %GC, Tm (melting temperature), interaksi primer (dimers dan hairpins),
stabilitas primer, repeats, runs dan false priming. Primer tersebut meliputi,
primer forward (pF-inhA) 5’ CTGGTTAGCGGAATCATCAC 3’ dan primer reverse
(pR-inhA) 5’ CGACCGTCATCCA-GTTGTA 3’ dengan ukuran produk 460 pb.
Penulis: Luk Ketut Budi
Maitriani, I Nengah Wirajana, Sagung Chandra Yowani
Kode Jurnal: jpkimiadd150284
