Variasi Genetik Spesies Mangrove Ceriops tagal berdasarkan Marka RAPD
Abstrak: Ceriops tagal
terdapat di Segara Anakan Cilacap, Taman Nasional Baluran Jawa Timur, dan di
Taman Nasional Karimunjawa. Informasi mengenai
keragaman genetik spesies
dapat igunakan sebagai bahan
pertimbangan dalam mengambil
kebijakan konservasi. Salah satu teknik molekuler yang dapat digunakan
untuk analisis variasi genetik adalah Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Penelitian ini
bertujuan untuk mengetahui
variasi genetik pada masing-masing populasi dan antar
populasi C. tagal berdasarkan marka RAPD. Ekstraksi DNA menggunakan metode
CTAB. Amplifikasi dilakukan menggunakan 10 primer (OPA-3, OPA-10, OPB-1, OPB-6,
OPB-7, OPB-8, OPB-10, OPB-12, OPB-17 dan OPB-18), meliputi pradenaturasi pada
94°C 5 menit, 45 siklus denaturasi pada 94°C selama 1 menit, penempelan primer
pada 37°C selama 1
menit, dan pemanjangan
primer pada 72°C
selama 1 menit
30 detik, final extension pada
72°C selama 5 menit dan holding pada 4°C selama 1 menit. Analisis dilakukan dengan mengubah
pola fragmen menjadi data
biner (pita muncul
=”1” dan pita
tidak muncul =“0”). Setelah itu
dilakukan analisis menggunakan program GenAlEx 6.1 dan NTSYS-PC versi 2.1.
Populasi yang memiliki variasi genetik (h) tertinggi adalah Segara Anakan
(0,308), Baluran (0,295) dan terendah adalah Karimunjawa (0,123). Populasi
Baluran memiliki nilai polimorfisme sebesar
75,00%, Segara Anakan
69,23%, sedangkan Karimunjawa
30,77%. Hasil AMOVA menunjukkan
persentase variasi genetik dalam populasi
lebih besar (77 %) dibanding variasi enetik antar
populasi (23 %). Hasil
analisis PCA memperlihatkan pola
yang hampir sama dengan jarak genetik dan UPGMA yaitu
pengelompokan sampel dari Baluran yang cenderung terpisahkan dengan
populasi lain. Sampel
dari Karimunjawa mengumpul,
SA1 dan SA3 cenderung dekat dengan sampel Karimunjawa
dan SA2 yang cenderung tidak satu kelompok dengan sampel
dari Segara Anakan
yang lain. Hasil mantel test yaitu
nilai r=0,347 dan
nilai p=0,02.
Penulis: Dhuta Sukmarani
Kode Jurnal: jpbiologidd130667
