Penggunaan Repetitive Sequence-Based Polychain Reaction (REP-PCR) Untuk Pengelompokan Bakteri Vibrio yang Berasosiasi dengan Ikan Kerapu Sakit dari Perairan Karimunjawa
Abstract: Ikan kerapu sakit
diperoleh dari keramba jaring apung yang berlokasi di perairan Karimunjawa.
Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji
penggunaan Repetitive Sequence-Based Polychain
Reaction (REP-PCR) untuk
pengelompokan bakteri genus vibrio yang berasosiasi dengan berbagai ikan kerapu
sakit. Sebanyak 32 isolat Vibrio berhasil diisolasi dari bagian
luka maupun ginjal berbagai ikan kerapu sakit dengan medium Thiosulfat Citrat Bile Salt Agar
(TCBSA). Hasil rep-PCR diperoleh bahwa
terdapat delapan kelompok bakteri vibrio yang berasosiasi dengan ikan kerapu
sakit. Oleh karena itu, pada penelitian ini, delapan isolat (JT 02, JT 07, JT 10, JT 13, JT 20, JT
24, JT 27, dan JT 31) yang masing-masing mewakili kelompoknya akan dilakukan
uji selanjutnya. Teknik molekuler gen 16S
rDNA digunakan untuk
karakterisasi kedelapan isolat
secara komprehensif. Berdasarkan
analisis sekuen gen 16S rDNA, data menunjukkan bahwa isolat JT 02, JT 07, JT
10, JT 13, JT 20, JT 24, JT 27, dan JT 31 memiliki kekerabatan terdekat dengan
Vibrio natriegens, V. olivaceus, V.
damsella ATCC33, V. fortis, V. alginolyticus, V. harveyi, V. parahaemolyticus
and V. carcharieae. Dari hasil
penelitian ini dapat disimpulkan bahwa rep-PCR dapat digunakan untuk pendekatan
molekuler secara efisien pada bakteri vibrio yang berasosiasi dengan kerapu
sakit.
Kata kunci: rep-PCR, Vibrio,
Kerapu, Karimunjawa
Penuls: Sarjito
Kode Jurnal: jpperikanandd110028
