PROFIL SEKUEN GEN LEPTIN DI BAGIAN 3’FLANKING REGION PADA SAPI SUMBA ONGOLE (SO)
Abstrak: Leptin adalah suatu
protein yang berpengaruh terhadap konsumsi pakan, metabolisme lemak, pengaturan
energi dan pembentukan sel darah merah (hematopoiesis) pada sapi. Polimorfisme
genLeptin (LEP) pada sapi lokal Indonesia dapat digunakan sebagai seleksi
ternak secara molekuler untukmeningkatkan produktivitas. Penelitian ini
bertujuan untuk mengidentifikasi Single NucleotidePolymorphism (SNP) di bagian
3’flanking region pada gen LEP dari 31 ekor sapi Sumba Ongole (Bosindicus).
Terdapat 17 SNP di daerah 3’flanking region (3506 - 4019 pb) berdasarkan
GenBank: U50365. Lima SNP (g.C3558T; g.G3566T; g.A3567C; g.G3574A; g.C3575A)
ditemukan pada semua sampel yangdiamati. Nilai Polymorphic Informative Content
(PIC) kategori moderate (0,25<PIC<0,50) ditemukan pada sembilan SNP yaitu
g.3565insG (0,35); g.C3576A (0,29); g.C3577T (0,28); g.A3578C/G (0,45);
g.C3579T(0,27); g.C3580T/A (0,47); g.C3581T (0,37); g.A3582G (0,38) dan
g.A3873G (0,35). Nilai PIC kategori rendah (PIC < 0,25) ditemukan pada tiga
SNP yaitu g.G3573C (0,21); g.G3661A (0,22) dan g.T3868C (0,17). Selain itu,
terdapat mutasi insersi di posisi g.3565insG dengan frekuensi 0,66. Studi lebih
lanjutterhadap polimorfisme pada bagian 3’flanking region gen LEP melalui
penambahan jumlah sampelbeserta data catatan produksi perlu dilakukan agar
diperoleh Marker Assisted Selection (MAS) pada sifat produksi.
Kata kunci: 3’flanking region, Gen LEP, PIC, SNP, Sumba Ongole
Penulis: Widya Pintaka Bayu
Putra, Paskah Partogi Agung, dan Ari Sulistyo Wulandari
Kode Jurnal: jppeternakandd170212
