Identifikasi Lamun Di Perairan Pulau Panjang Dan Perairan Pantai Sancang Menggunakan Primer rbcL Dan matK
Abstrak: Barkoding merupakan
cara mengidentifikasi spesies pada tingkat gen berdasarkan susunan nukleotida
masing-masing spesies. Polimerasi DNA hanya dapat dilakukan jika tersedia
molekul primer. Dua gen di kloroplas, gen rbcL dan matK telah disepakati
sebagai daerah barkode untuk mengidentifikasi tumbuhan. Tujuan penelitian ini
adalah mengidentifikasi lamun secara molekuler dan mengetahui efektifitas
primer yang digunakan. Penelitian dilaksanakan pada bulan Februari hingga
September 2015, terdiri dari pengambilan sampel, isolasi DNA, dan PCR.
Identifikasi morfologi menunjukkan lamun yang berada di Pantai Sancang diduga
spesies Cymodocea rotundata dan Thalassia hemrprichii. Sedangkan lamun yang
berada di Pulau Panjang diduga spesies Cymodocea serrulata dan Enhalus acoroides.
DNA keempat sampel lamun berhasil diisolasi menggunakan metode CTAB dengan
hasil kemurnian genom menggunakan spektrofotometer menunjukkan semua sampel
memiliki rasio dibawah 1,8, yaitu untuk sampel YPW01 sebesar 1,369; YPW02
sebesar 1,192; YPW03 sebesar 1,397; dan YPW04 sebesar 1,267. Namun keempat
tidak dapat teramplifikasi dengan primer rbcL maupun matK. Hal ini diduga
karena kondisi kualitas genom yang kurang baik atau kemungkinan tidak komplemen
antara sekuen pimer dengan DNA target genom akibat mutasi.
Kata Kunci: Barkoding, DNA
lamun, matK, PCR, primer rbcL
Penulis: Yuanita Prastika
Wuri, Mochamad Untung Karunia Agung, Titin Herawati
Kode Jurnal: jpperikanandd160641
