DETEKSI POLYMORPHISME DENGAN SUBSTITUSI NUKLEOTIDA TUNGGAL PADA Streptococcus agalactiae ISOLAT LOKAL INDONESIA
Abstract: Kasus penyakit pada
budidaya ikan nila di wilayah di Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Sulawesi
Utara dan Papua Barat, disebabkan Streptococcus yang menyebabkan penyakit
Streptococcosis di mana 80% disebabkan oleh grup B S. agalactiae. Tujuan penelitian
ini adalah melakukan deteksi pada nukleotida isolat S. agalactiae untuk
mengetahui sampai sejauh mana terjadinya nukleotida polimorfisme tunggal (SNP)
pada isolat tersebut. Identifikasi menggunakan PCR dilakukan terhadap 16S rDNA
dan primer spesifik spesies terhadap S. agalactiae yaitu agal I
5’-ATAAGAGTAATTAACACATGTTAG-3’ (forward) dan agal II
5’-ACTTCGGGTGTTACAAAC-3’(reverse) dengan target 1250 bp. Produk PCR
diamplifikasi terlebih dahulu menggunakan tujuh pasangan primer oligonukleotida
yang berbeda yang didesain dari sekuens genom NEM316 GBS. Sekuens yang
diperoleh dibandingkan dengan sekuens di Gene Bank database menggunakan
National Center for Biotechnology Information Blast search tool. Hasil yang
diperoleh ternyata ada dua basa yang berubah yaitu pada basa 24 dan basa 167.
Pada basa 24 jelas terjadi subtitusi basa baru yaitu G, yang seharusnya tidak
ada basa tersebut pada gen adhP-54 dan adhP-49 standar. Sedangkan pada basa 167
terjadi perbedaan basa dari seharusnya A pada standar menjadi G pada isolat 2.
Keywords: polimorfisme;
Streptococcus agalactiae; PCR
Penulis: Angela Mariana
Lusiastuti, Helga Seeger, Desy Sugiani, Tatik Mufidah, Hessy Novita
Kode Jurnal: jpperikanandd150534
