PENERAPAN TEKNIK ANALISIS DNA DENGAN PCR-SSCP (Single-Strand Conformation Polymorphism) PADA UDANG WINDU, Penaeus monodon
Abstract: SSCP (Single Strand
Conformation Polymorphism) merupakan suatu metode analisis molekuler yang
bertujuan untuk melihat perbedaan jumlah basa antar fragmen, dengan menggunakan
gel poliakrilamid, yang masing-masing dapat memisahkan 6-8 basa Template DNA
pada poliakrilamid gel di fragmentasi dengan elektroforesis terkontrol yang
disebut GenePhor. GenePhor merupakan horizontal elektroforesis kering, dengan
suhu yang dapat diatur sedemikian rupa, sehingga dapat memisahkan DNA pada
tegangan tinggi tanpa menimbulkan panas yang berlebihan pada poliakrilamid gel.
Metode staining menggunakan silver staining kit. Hasil dari SSCP sangat
dipengaruhi dan ditentukan oleh konsentrasi DNA sampel serta proses ekstraksi,
amplifikasi, purifikasi dan restriksi, dan optimasi dalam pelaksanaan staining.
Teknik ini merupakan salah satu teknik analisis polimorfisme dan banyak
diterapkan pada bidang akuakultur (ikan, udang) untuk genotyping dengan hasil
cukup akurat.
KATA KUNCI: DNA, gel Poliakrilamid, GenePhor, silver staining, SSCP (Single-Strand
Conformation Polymorphism)
Penulis: Ni Luh Tati Aryani,
Sri Suratmi
Kode Jurnal: jpperikanandd080180
