METODE ISOLASI DEOXYRIBO NUCLEIC ACID BAKTERI DARI ORGAN IKAN NILA (Oreochromis niloticus) UNTUK DIAGNOSA Streptococcociasis DENGAN TEKNIK POLYMERASE CHAIN REACTION
Abstract: Streptococcus sp.
menyebabkan wabah penyakit dan menimbulkan kematian massal pada beberapa jenis
ikan di seluruh dunia dengan angka kerugian yang ditimbulkannya berkisar 150
juta US$ per tahun. Streptococcus agalactiae merupakan salah satu bakteri
penyebab Streptococcocis pada ikan nila (Oreochromis niloticus). Saat ini
diagnosa agen penyebab penyakit bakteri tersebut dapat dilakukan dengan teknik
PCR (Polymerase Chain Reaction) menggunakan pasangan primer spesifik
(Sdi252Sdi61), namun pada umumnya ekstraksi dilakukan melalui proses
mengisolasi bakteri dari organ terinfeksi, menumbuhkan pada media agar,
pemurnian isolat dan terakhir isolasi DNA. Sedangkan isolasi DNA bakteri
langsung dari organ yang terinfeksi dapat mempersingkat waktu diagnosa agen
penyakit tersebut. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh metode
ekstraksi yang dapat mengisolasi DNA bakteri secara langsung dari organ ikan
yang terinfeksi (otak, hati, limfa, dan ginjal). Metode yang digunakan adalah
pemanasan, ekstraksi DNA secara kimiawi dengan DNAzol reagent dan dengan mini
column QIAamp DNA Mini Kit. Dari hasil penelitian menunjukkan bahwa metode
pemanasan, DNAzol reagent dan QIAamp DNA Mini Kit masing-masing menghasilkan
band positif sebesar 82%, 64%, dan 100%. Limfa dapat digunakan untuk
mengisolasi DNA Streptococcus agalactiae secara langsung dengan menggunakan
ketiga macam metode ekstraksi, namun QIAamp DNA Mini Kit menghasilkan DNA yang
lebih bersih dengan tingkat kemurnian yang tinggi. Isolasi langsung dari organ
mempercepat proses identifikasi bakteri.
Keywords: Streptococcus
agalactiae; ekstraksi DNA; bakteri; PCR
Penulis: Lila Gardenia, Isti
Koesharyani
Kode Jurnal: jpperikanandd110228
