OPTIMASI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN METODE PCR (Polymerase Chain Reaction) PADA IKAN KARANG ANGGOTA FAMILI Pseudochromidae (DOTTYBACK) UNTUK IDENTIFIKASI SPESIES SECARA MOLEKULAR
Abstract: Polymerase Chain
Reaction (PCR) merupakan salah satu metode yang digunakan dalam identifikasi
suatu organisme. Identifikasi secara molekular menggunakan metode berbasis PCR
perlu dilakukan pada ikan karang Famili Pseudochromidae karena ikan ini
mempunyai variasi morfologi warna yang sangat tinggi dan menyulitkan
identifikasi morfologi. Metode amplifikasi DNA untuk seluruh spesies ikan
anggota famili ini belum banyak dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk
mengetahui kondisi optimal untuk amplifikasi DNA menggunakan metode PCR
(Polymerase Chain Reaction) pada 25 spesies ikan karang anggota famili
Pseudochromidae, yang sebelumnya telah diidentifikasi secara morfologi. Amplifikasi
dilakukan pada tiga loki DNA mitokondria, yaitu 16S rRNA, control region dan
cytochrome oxidase I (COI). Hasil penelitian menunjukkan kondisi optimum
amplifikasi tidak berhubungan dengan perbedaan spesies. Modifikasi amplifikasi
dapat dilakukan dengan penambahan volume template DNA dan BSA 1X serta
penggantian temperatur annealing; sedangkan pergantian reagen tidak memberikan
pengaruh yang signifikan. Penggunaan primer depan CRK untuk amplifikasi lokus
control region juga memberikan hasil yang lebih baik.
Penulis: Ni Putu Dian Pertiwi,
i G.N.K Mahardika, Ni Luh Watiniasih
Kode Jurnal: jpbiologidd150737
