DOCKING MOLEKULAR POTENSI ANTI DIABETES MELITUS TIPE 2 TURUNAN ZERUMBON SEBAGAI INHIBITOR ALDOSA REDUKTASE DENGAN AUTODOCK-VINA
ABSTRAK: Obat anti-diabetes
yang telah dipasarkan seperti Epalrestat, Ponalrestat, Pioglitazone dan
Sitagliptin serta turunan zerumbon pada penelitian sebelumnya memiliki
aktivitas anti diabetes, perlu diketahui bagaimana mekanisme interaksinya
terhadap protein target aldosa reduktase (2HV5). Protein target aldosa
reduktase dipreparasi menggunakan UCSF Chimera. Penelitian ini telah dilakukan
dengan menggunakan ligan uji termasuk empat senyawa tersebut, yaitu ligan
dataset (50 senyawa) dan decoys dari dude.docking.org, dan 25 senyawa turunan
zerumbon. Semua ligan dilakukan docking molekular menggunakan Program PyRx dengan program Vina dan AutoDock (Lamarckian
Genetic Algorithm (LGA), Genetic Algorithm (GA) dan Monte Carlo Simulated
Annealing (SA)). Hasil yang diperoleh berupa nilai binding affinity (kkal/mol)
ligan terhadap protein. Program PyMOL dan PLIP (Protein Ligand Interaction Profiler)
digunakan untuk memvisualisasikan konformasi 3D molekul dan interaksi
ligan-protein. Perangkat keras yang digunakan komputer personal dengan
spesifikasi prosesor Intel® Atom(™) CPUN2600 @ 1,60 GHz, RAM 2GB, Windows 7.
Hasil docking didapatkan bahwa ZER (SA, -6,99 kkal/mol), ZER08 (vina, -10,9
kkal/mol) dan ZER11 (LGA, -11,26 kkal/mol dan GA, -11,17 kkal/mol) mempunyai
nilai binding affinity lebih baik dibandingkan dengan keempat senyawa obat
tetapi, nilai ini tidak lebih baik dibandingkan dengan ligan natif, dataset dan
decoys. Hasil interaksi ligan-protein yang terjadi melibatkan residu PHE-122
dan VAL-47, dan hal ini ditemukan sama untuk ketiga senyawa turunan zerumbon
tersebut dengan ligan natif. Ketiga turunan zerumbon ini dapat dilanjutkan uji
aktivitas in vitro di laboratorium.
Penulis: Karisma Enggar
Saputri, Nurul Fakhmi, Erwinda Kusumaningtyas, Dedy Priyatama, Broto Santoso
Kode Jurnal: jpkimiadd160395
