PEMANFAATAN SILIKAT BENTONIT TERSUSPENSI NaCl, MgCl2, DAN CaCl2 UNTUK ISOLASI DNA METAGENOMIK DARI TANAH HUTAN MANGROVE
ABSTRAK: Penelitian ini
bertujuan untuk membandingkan hasil isolasi DNA metagenomik dari tanah hutan
mangrove Pantai Suwung Kauh
Bali dengan menggunakan silikat
bentonit tersuspensi NaCl, MgCl2 dan CaCl2. Isolasi
DNA metagenomik dilakukan dengan
metode lisis sel
secara langsung dari
tanah dengan menggunakan
buffer lisis dan dengan kejutan-pemanasan, serta
dilanjutkan dengan ekstraksi DNA dengan silikat bentonit tersuspensi NaCl,
MgCl2 dan CaCl2. Preparasi suspensi silikat bentonit dilakukan dalam larutan 1 M NaCl, MgCl2 dan CaCl2. Hasil
isolasi DNA metagenomik dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa dan
spektrofotometer nano pada panjang gelombang 230, 260, dan 280 nm. Hasil
analisis dengan elektroforesis gel agarosa menunjukkan bahwa DNA tidak
terdeteksi pada elusi pertama dari semua suspensi, namun DNA hanya
terdeteksi pada supernatan pertama sebelum elusi dari suspensi Na-bentonit dan
Mg-bentonit. Pita DNA paling tebal diperoleh pada supernatan pertama dari
suspensi Na-bentonit. Hasil ini
mengindikasikan bahwa kemampuan
adsorpsi Na-bentonit terhadap
DNA metagenomik lebih rendah daripada suspensi lainnya. Pita DNA tidak terdeteksi pada supernatan
pertama dan hasil elusi pertama dari suspensi Ca-bentonit yang mengindikasikan
bahwa DNA teradsorpsi lebih kuat daripada yang lain dan belum dapat terlepas
dari suspensi ini pada elusi pertama. Hasil spektrofotometer nano menunjukkan
bahwa DNA metagenomik yang diisolasi dengan menggunakan silikat bentonit
tersuspensi NaCl, MgCl2 dan CaCl2 masih terkontaminasi asam humat dan protein.
Penulis: Luh De Dwi Jayanthi,
Ida Ayu Gede Widihati, dan I Nengah Wirajana
Kode Jurnal: jpkimiadd150294
