ANALISIS PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI PROMOTER inhA MULTIDRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS (MDR-TB) DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
ABSTRAK: Penelitian ini bertujuan
untuk menganalisis beberapa
pasangan primer dalam
mengamplifikasi daerah promoter
inhA secara in silico dan in vitro. Analisis primer secara in silico dilakukan
menggunakan program Clone Manger Suite
6. Sekuen DNA
templat yang digunakan
dalam analisis primer
diunduh dari situs www.ncbi.nlm.nih.gov dengan kode
genbank : U66801.1 yang merupakan sekuens DNA gen fabG M. tuberculosis H37Rv.
Deteksi primer secara in vitro dilakukan dengan teknik PCR menggunakan isolat
P16 dan 86 M. tuberculosisMDR sebagai templat. Proses amplifikasi dilakukan
dengan kondisi sebagai berikut: denaturasi awal pada suhu 95°C selama 15 menit
, amplifikasi sebanyak 45 siklus (denaturasi pada suhu 94°C selama 1 menit,
annealing pada suhu 55°C selama 1 menit 20 detik dan ekstensi pada suhu 72°C
selama 1 menit 10 detik) serta ekstensi akhir pada suhu 72°C selama 10 menit.
Selanjutnya, deteksi produk PCR dilakukan dengan gel elektroforesis 1,5%.
Kesimpulan yang diperoleh dari penelitian
ini adalah, diperoleh
pasangan primer forward
(mabA-inhA-promoter-FS) dengan urutan sekuen
5’-ACATACCTGCTGCGCAAT-3’ (18 nukleotida)
dan primer reverse
(mabA-inhA-promoter-R) dengan urutan
sekuens 5’-CTCCGGTAACCAGGACTGAA-3’ (20 nukleotida) (Chen et al., 2011) yang memenuhi kriteria pasangan primer yang
baik dilihat dari panjang primer, nilai Tm, %GC, stabilitas, jumlah hairpins,
dimers dan runs. Dari deteksi secara in
vitro sepasang primer tersebut
juga telah mampu
mengamplifikasi daerah promoter inhA sebesar 284 pb.
Kata kunci: Analisis primer,
PCR, promoter inhA, M. tuberculosis, in silico, in vitro, Clone Manager Suite 6
Penulis: I Gusti Ayu Agung
Septiari, Putu Sanna Yustiantara, dan Sagung Chandra Yowani
Kode Jurnal: jpkimiadd150312
