ALTERNATIF PENGGUNAAN SILIKA BENTONIT SEBAGAI PENGGANTI FENOL-KLOROFORM-ISOAMIL ALKOHOL DALAM EKSTRAKSI DNA SECARA LANGSUNG DARI TANAH HUTAN MANGROVE
ABSTRAK: Telah dilakukan penelitian
tentang perbandingan ekstraksi
DNA metagenomik dari
tanah hutan mangrove dengan fenol-kloroform-isoamil alkohol
dan silika bentonit. Penelitian
ini dilakukan dengan
tujuan untuk mengetahui perbedaan
kualitas dan kuantitas
DNA metagenomik hasil
ekstraksi menggunakan fenol-kloroform-isoamil alkohol dibandingkan
dengan silika bentonit setelah mengalami proses lisis secara langsung dari
tanah hutan mangrove. Penggunaan
fenol-kloroform-isoamil alkohol tidak memenuhi konsep Green Chemistry, sehingga
dalam penelitian dicoba diganti dengan silika bentonit. DNA metagenomik hasil ekstraksi dari dua teknik ini diuji
dengan elektroforesis gel agarosa
dan spektrofotometri UV-Vis.
Hasil elektroforesis gel
agarosa terhadap DNA metagenomik menunjukkan
bahwa DNA relatif
lebih banyak terkandung
pada supernatan pertama
dari ekstraksi dengan silika
bentonit; namun diperoleh keutuhan DNA yang relatif sama seperti DNA hasil
ekstraksi dengan fenol-kloroform-isoamil alkohol. Hasil analisis dengan
spektrofotometri UV-Vis menunjukkan bahwa rasio A260/230 DNA hasil ekstraksi
dengan fenol-kloroform-isoamil alkohol memiliki tingkat kemurnian relatif lebih
tinggi terhadap asam humat. Rasio A260/280 DNA
metagenomik hasil ekstraksi
dengan silika bentonit
pada elusi terakhir
menunjukkan tingkat kemurnian relatif terhadap protein yang tertinggi
daripada yang lain.
Penulis: Khisan Qamariya,
Wahyu Dwijani Sulihingtyas, dan I Nengah Wirajana
Kode Jurnal: jpkimiadd160051
