AMPLIFIKASI DNA DAN SEKUENSING DAERAH ITS-1 rDNA TRICHODERMA Sp. LBKURCC22
Abstract: Salah satu
mikroorganisme biokontrol yang dikenal luas adalah jamur Trichoderma sp.
Mikroorganisme ini adalah jamur penghuni tanah yang dapat diisolasi dari
perakaran tanaman lapangan. Trichoderma sp.yang berhasil diisolasi dari hutan
gambut cagar biosfer Giam Siak Kecil Bukit Batu (GSKBB) disimpan pada Koleksi
Kultur Laboratorium Biokimia Universitas Riau dengan kode galur LBKURCC22. Identifikasi
secara morfologi terhadap LBKURCC22 menunjukkan ciri yang dimiliki Trichoderma
sp. Identifikasi secara morfologi belum memberikan kepastian spesies ataupun
hubungan kekerabatan dengan spesies Trichoderma lainnya. Identifikasi isolat
fungi di tingkat spesies telah terbukti sulit, karena tingkat kesamaan
morfologi yang sangat tinggi, oleh karena itu perlu digunakan metode-metode
molekuler untuk penentuan spesies fungi secara tepat. Metode molekuler untuk
identifikasi spesies adalah berdasarkan penentuan sekuens DNA dan analisis
filogenetik. Isolasi dan amplifikasi DNA merupakan langkah pertama untuk dapat
menentukan sekuens DNA diikuti dengan analisis filogenetik. Salah satu analisis
molekuler yang berkembang adalah penentuan sekuens ribosomal DNA (rDNA) pada
daerah Internal Transcribe Spacer (ITS) Trichoderma sp. Pada penelitian ini
dilakukan isolasi DNA kromosomal, penentuan berat molekulnya, amplifikasi dan
sekuensing daerah ITS-1 rDNA Trichoderma sp LBKURCC22. Molekul DNA kromosomal
Trichoderma sp LBKURCC22 berhasil diisolasi dari kultur berumur maksimum 3
hari, dan memberikan pita elektroforesis sebesar 12,475 pb. Amplifikasi PCR
untuk daerah ITS-1 rDNA yang paling baik adalah menggunakan pasangan primer
ITS5 dan ITS2, sehingga diperoleh produk amplifikasi berukuran 384 pb. Produk
PCR dimurnikan, dan disekuens untuk memberikan sekuens ITS-1 dari rDNA
Trichoderma sp LBKURCC22 yang akan dapat digunakan untuk analisis filogenetik.
Penulis: Evariati Rambe, Fajar
Restuhadi, Titania Tjandrawati Nugroho
Kode Jurnal: jpkimiadd140473
