OPTIMASI PCR (Polymerase Chain Reaction) FRAGMEN 724 pb GEN katG MULTI DRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS UNTUK MENINGKATKAN PRODUK AMPLIFIKASI
Abstract: Deteksi adanya
mutasi pada gen katG MDR-TB (Multi Drug Resistance Tuberculosis) yang bertanggung
jawab terhadap resistensi isoniazid (INH) dapat dilakukan dengan teknik
Polymerase Chain Reaction (PCR). Pada penelitian ini metode PCR digunakan untuk
mengamplifikasi fragmen berukuran 724 pb gen katG. Telah dilakukan percobaan
pendahuluan, di mana proses PCR berhasil mengamplifikasi fragmen berukuran 724
pb namun masih menghasilkan pita yang sangat tipis yang menunjukkan bahwa
proses amplifikasi belum optimal. Oleh sebab itu, penelitian ini bertujuan
untuk mengoptimasi proses PCR agar mampu meningkatkan produk amplifikasi
sehingga diperoleh pita yang tebal. Produk PCR yang tebal ini cukup memadai
untuk proses sekuensing.
Tahap optimasi yang dilakukan dalam
proses PCR meliputi penambahan jumlah templat DNA pada formula PCR,
variasi suhu annealing, penambahan waktu annealing dan waktu ekstensi. Hasil
optimasi menunjukkan penambahan jumlah templat DNA menjadi 1 µL, suhu annealing
56ºC, waktu annealing 1 menit 20 detik, dan waktu ekstensi 2 menit memberikan
amplifikasi terbaik karena menghasilkan pita yang tebal dan tidak terjadi
mispriming.
Penulis: Deniariasih, N.W.,
Ratnayani, K., Yowani, S.C.
Kode Jurnal: jpfarmasidd130208
