DESAIN PRIMER SECARA IN SILICO UNTUK AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN rpoB Mycobacterium tuberculosis DENGAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
Abstract: Amplifikasi DNA
Mycobacterium tuberculosis dari gen rpoB dilakukan dengan metode polymerase
chain reaction (PCR). Amplifikasi DNA dengan PCR diperlukan sepasang primer
(forward dan reverse) untuk membatasi daerah yang ingin diamplifikasi.
Penelitian ini bertujuan untuk mendesain sepasang primer agar dapat
mengamplifikasi fragmen 0,5 kb gen rpoB M.tuberculosis. Desain primer dilakukan
secara in silico dengan bantuan program clone manager suite 6 (University of
Groningen). Template yang digunakan dalam mendesain primer adalah sekuen gen
rpoB M. tuberculosis H37RV wild type, yang diperoleh dari database NCBI dengan
kode genbank U12205.1.
Penelitian ini telah berhasil memperoleh sekuen sepasang primer (forward
dan reverse) dengan panjang masing-masing adalah 22 oligonukleotida. Primer ini
dapat mengamplifikasi secara in silico fragmen 0,5 kb gen rpoB M. tuberculosis
pada rentang daerah 990-1496 pb dengan panjang fragmen sebesar 507 pb.
Penulis: Pradnyaniti, D.G,
Wirajana, I.N, Yowani, S.C
Kode Jurnal: jpfarmasidd130209
