OPTIMASI PERFORMA DNA MARKER PADA ELEKTROFORESIS GEL
Abstract: Elektroforesis
adalah pemisahan komponen bermuatan listrik berdasarkan perbedaan tingkat
migrasinya dalam suatu medan listrik. Elektroforesis terutama digunakan untuk
mengamati hasil dari DNA (deoxyribonucleic acid) yang diamplifikasi. Untuk
memudahkan pembacaan ukuran DNA target dalam elektroforesis diperlukan adanya
DNA marker. Kendala-kendala penggunaan DNA maker dalam elektroforesis di
antaranya adalah separasi fragmen DNA marker yang kurang sempurna, fragmen yang
tipis atau kurang tegas dan bentuk fragmen yang tidak lurus, sehingga
menyulitkan pembacaan. Oleh karena itu, perlu dilakukan uji coba dengan
memberikan perlakuan beberapa faktor yang memengaruhi hasil elektroforesis
untuk mengetahui komposisi yang tepat agar diperoleh performa fragmen DNA
marker yang optimum. Kegiatan optimasi performa DNA marker ini dilakukan dengan
cara memasukkan sampel DNA marker dengan volume 0,50 µL; 0,75 µL; 1,00 µL; 1,25
µL; dan 1,50 µL ke dalam sumur-sumur gel agarosa 2% yang telah diwarnai
peqGREEN dengan konsentrasi 60.000x in water (0,5 µL/30 mL), 40.000x in water
(0,75 µL/30 mL), 30.000x in water (1 µL/30 mL), dan 24.000x in water (1,25
µL/30 mL), kemudian dilakukan elektroforesis pada arus listrik 400 mA dengan
tegangan listrik 80 volt selama 30 menit, 70 volt selama 45 menit, dan 60 volt
selama 60 menit. Hasil uji coba ini menunjukkan bahwa volume optimum DNA marker
yang dapat menghasilkan visualisasi fragmen-fragmen DNA secara jelas berkisar
0,75-1,25 µL. Pewarna peqGREEN dengan konsentrasi 60.000x in water sudah dapat
mewarnai fragmen DNA dengan jelas. Separasi antar-fragmen DNA terlihat jelas
dan tegas pada saat elektroforesis dilakukan dengan tegangan listrik 70 volt
selama 45 menit dan 60 volt selama 60 menit.
Keywords: DNA marker;
elektroforesis; volume; konsentrasi pewarna; tegangan listrik
Penulis: Diah Artati, Dini
Sahfitri Lubis
Kode Jurnal: jpperikanandd170271
