DETEKSI VIRUS KOI HERPES MENGGUNAKAN METODE LOOP-MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION (LAMP) DAN QUANTITATIVE-POLYMERASE CHAIN REACTION (q-PCR)
Abstract: Infeksi virus
Koiherpes (KHV) atau Cyprinid herpes virus-3 (CyHV-3) pada ikan mas dan koi
sampai saat ini masih menjadi kendala yang menimbulkan kerugian besar pada
budidaya ikan konsumsi dan hias tersebut di seluruh dunia termasuk Indonesia.
Kecepatan diagnosis penyakit memegang peranan penting dalam penanggulangan
kasus wabah penyakit. Metode real-time/quantitative PCR (q-PCR) dan LAMP (Loop
Mediated Isothermal Amplification) saat ini telah banyak dimanfaatkan untuk
mendeteksi patogen. Metode q-PCR memiliki keunggulan karena lebih sensitif,
spesifik, cepat, dengan standarisasi mudah serta dapat digunakan untuk
pengukuran kuantitatif. Metode LAMP dapat mengamplifikasi DNA target dengan
spesifisitas tinggi, efisien dan cepat sehingga cocok menjadi metode skrining
patogen di lapangan. Tujuan penelitian ini adalah melakukan analisa menggunakan
metode LAMP dan q-PCR untuk mendeteksi Koi herpesvirus yang diinfeksikan pada
kultur sel KF-1. DNA diisolasi dan dianalisa menggunakan kedua metode tersebut.
Analisa qPCR menggunakan primer mix Sph I-5 dan standard berasal dari plasmid.
Sedangkan analisa LAMP menggunakan beberapa primer (FIP, BIP, F3 dan B3). Hasil
analisa metode LAMP dan q-PCR menghasilkan positif KHV pada sampel supernatan
kultur sel yang diinokulasi virus. Analisa kuantitatif dengan q-PCR
memperlihatkan jumlah virus tertinggi (hingga lebih dari satu juta copy DNA)
pada H7 dan H9 post-infeksi.
Keywords: qPCR; LAMP; virus
koiherpes; KHV
Penulis: Lila Gardenia, Isti
Koesharyani
Kode Jurnal: jpperikanandd150663
