DETEKSI DINI VIBRIOSIS PADA AIR DAN SEDIMEN TAMBAK
Abstract: Deteksi dini
vibriosis secara molekuler dapat memberikan informasi yang lebih akurat adanya
ancaman serangan Vibrio patogen sebelum jumlahnya mencapai quorum. Deteksi dini
Vibriosis pada air dan sedimen tambak mengalami hambatan pada proses ekstraksi
genom bakteri. Proses ekstraksi genom bakteri Vibrio patogen dari air dan
sedimen memerlukan metode spesifik yang dapat mengekstrak genom dalam jumlah
sedikit. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan metode deteksi
dini secara molekuler untuk mendeteksi Vibrio patogen pada air dan sedimen
tambak. Tahapan penelitian diawali dengan menginfeksikan biakan bakteri V.
harveyi patogen ke dalam media air dan sedimen tambak yang telah disterilkan.
Konsentrasi bakteri di dalam media uji diatur pada kepadatan 102, 103, 104,
105, 106, dan 107 CFU/mL. Setiap perlakuan diulang tiga kali. Sampling
dilakukan pada hari ke-2, 6, dan 9 setelah infeksi. Metode ekstraksi yang
digunakan adalah metode Kit Mo Bio yang dilanjutkan dengan amplifikasi DNA
dengan metode PCR menggunakan primer spesifik IAVh. Dari hasil elektroforesis
diketahui bahwa genom Vibrio patogen hasil ekstraksi dari sampel air tambak
hanya terlihat pada kepadatan bakteri > 105 CFU/mL sedangkan genom Vibrio
patogen tidak terdeteksi dari sampel sedimen pada semua perlakuan. Tingkat
kesulitan ekstraksi DNA dari sampel sedimen semakin meningkat seiring dengan
semakin tingginya konsentrasi bakteri. Namun pada elektroforesis hasil PCR
terlihat adanya pita DNA pada hampir semua sampel yang diuji baik dari air maupun
sedimen. Hasil ini menunjukkan kemampuan primer IAVh mendeteksi Vibrio patogen
pada sampel air dan sedimen tambak dengan kepadatan bakteri berbeda.
Keywords: air tambak; deteksi
dini; sedimen tambak; vibriosis
Penulis: Ince Ayu Khairana
Kadriah, Nurhidayah
Kode Jurnal: jpperikanandd160341