APLIKASI REAL TIME–QUANTITATIVE POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-qPCR) DALAM KUANTIFIKASI KOI HERPES VIRUS PADA IKAN MAS (Cyprinus carpio)
Abstract: Koi Herpes Virus
(KHV) di Indonesia sejak tahun 2002 merupakan penyakit mematikan yang menyerang
ikan koi Cyprinus carpio koi dan ikan mas Cyprinus carpio carpio, dan sampai
saat ini, infeksi KHV dilaporkan sudah menyebar hampir di seluruh dunia. Untuk
mengetahui adanya infeksi KHV perlu cara diagnosa yang sangat akurat/sensitif,
sehingga keberadaan KHV dapat diketahui secara pasti dengan tingkat
sensitivitas yang lebih baik pada ikan budidaya. Tujuan dari penelitian ini
adalah untuk mengaplikasikan teknik deteksi dengan real time quantitative
polymerase chain reaction (RT- qPCR/qPCR) guna mengetahui adanya infeksi KHV
secara kuantitatif pada ikan mas dengan mengetahui kandungan virus (viral load).
Sebanyak masing-masing 3 ekor sampel diperoleh dari sentra budidaya ikan mas di
Cirata-Jawa Barat, Maninjau-Sumatera Barat, dan Banjarmasin-Kalimantan Selatan.
Sampel-sampel tersebut selanjutnya dianalisa keberadaan KHV-nya dengan RT-qPCR
menggunakan SYBR Green. Hasil pengujian menunjukkan bahwa jumlah tertinggi
(viral load) diperoleh dari ikan mas asal Cirata-3 dengan nilai Threshold Cycle
(Ct.) 18,24 atau setara dengan 3,4 x 107 kopi, dan terendah dari ikan mas asal
Banjarmasin-3 dengan nilai Ct. 33,39 atau 1,8 x 102 kopi. Dua standar yang
digunakan dalam pengujian ini berupa plasmid dengan jumlah kopi 2 x 104 (Ct
27,24) dan 2 x 103 (Ct 30,24) dan kontrol atau Non Template Control (NTC)
adalah 3,1 x 10 atau dengan nilai Ct 35,65. Uji aplikasi deteksi KHV dengan
metode RT-qPCR ini memberikan hasil yang lebih sensitif, di mana sampel yang
tidak terdeteksi dengan metode PCR konvensional dapat dideteksi dan dihitung
jumlah kopi DNA (DNA copy).
Keywords: ikan mas; Koi
Herpesvirus; Real Time–Quantitative Polymerase Chain Reaction (RT-qPCR); SYBR
Green; Cyprinus carpio carpio; Koi Herpesvirus; Real Time–Quantitative
Polymerase Chain Reaction (RT-q PCR), SYBR Green
Penulis: Isti Koesharyani,
Lila Gardenia, Tatik Mufidah, Ayi Santka
Kode Jurnal: jpperikanandd170180
