KERAGAMAN GENETIK IKAN SEMAH (TOR TAMBROIDES BLEKER 1854) DI SUNGAI MANNA, BENGKULU DAN SUNGAI SEMANKA, LAMPUNG
ABSTRACT: Ikan semah adalah
ikan air tawar Indonesia yang memiliki nilai ekonomis tinggi dan jarang
ditemukan, hidup di hulu sungai dengan kondisi perairan yang jernih dan
kebutuhan oksigen tinggi. Untuk mempertahankan keberlanjutan ikan semah
diperlukan informasi keragaman genetik sampai pada penanda molekuler.Molekul
DNA dapat berfungsi menjadi penanda molekular yang mampu mengidentifikasi
perbedaan genetik langsung pada level DNA sebagai komponen genetik. Penelitian
tentang keragaman genetik ikan semah dilakukan
pada tahun 2011 di Sungai Manna, Bengkulu dan Sungai Semanka, Lampung.
Tujuan penelitian adalah untuk mengetahui keragaman genetik dan penanda
molekuler ikan semah dari Sungai Manna, Bengkulu dan Sungai Semanka, Lampung.
Contoh diambil secara acak, darah dan
jaringan otot ikan semah dari masing-masing spesimen dikoleksi dan diekstraksi
menggunakan “Geneaid DNA ekstraksi kit”. Bagian gen mtDNA yang digunakan adalah
gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI). Analisis keragaman genetik yang
meliputi penanda genetik dan hubungan kekerabatan ikan semah berdasarkan
runutan nukleotida dan asam amino, dilakukan menggunakan program MEGA versi 4.0
dengan metode bootstrapped Neighbor Joining dengan 1000 kali pengulangan. Hasil
penelitian menunjukkan komposisi basa nukleotida untuk ikan semah dari Sungai
Manna dan Semanka mengidentifikasi 4 situs nukleotida yang bervasiasi dan
semuanya parsimoni informatif. Basa nukleotida dari gen Cytochrome Oxidase
Subunit I (COI) dapat dijadikan penanda genetik spesifik antara ikan semah,
spesies Tor tambroides dengan genus Tor
yang lain. Tor tambroides yang berasal dari Bengkulu dan Lampung (Indonesia)
juga memiliki basa nukleotida spesifik yang membedakannya dengan Tor
tambroides dari luar Indonesia, bahkan
bisa menjadi penanda genetik spesifik lokasi Bengkulu dan Lampung.
KEYWORDS: Keragaman genetik;
Tor tambroides; Sungai Manna & Semanka; Bengkulu dan Lampung
Penulis: Arif Wibowo
Kode Jurnal: jpperikanandd120389
