KERAGAMAN GENETIK FITOPLANKTON Chaetoceros spp. BERDASARKAN SEKUEN 16S-rRNA
Abstract: Analisis sekuen 16S
rRNA merupakan salah satu metode yang telah banyak digunakan untuk
mengidentifikasi keragaman organisme pada level molekuler, termasuk
fitoplankton. Penelitian bertujuan untuk melakukan identifikasi keragaman
genetik beberapa jenis Chaetoceros spp. yang selama ini digunakan dan dikoleksi
di Instalasi Perbenihan Balai Penelitian dan pengembangan Budidaya Air Payau
(BPPBAP) di Barru. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi BPPBAP
Maros. Bahan-bahan yang digunakan meliputi beberapa jenis Chaetoceros koleksi
di laboratorium kultur BPPBAP Maros. Kegiatan dilakukan dengan beberapa
tahapan, yakni (1) ekstraksi DNA yang dilakukan dengan metode fenol kloroform
yang telah dikembangkan untuk ikan kerapu; (2)amplifikasi DNA dengan PCR; dan
(3) analisis sekuen DNA hasil PCR. Keberhasilan ektraksi dan amplifikasi PCR
dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa. Amplifikasi DNA dilakukan dengan
teknik PCR menggunakan primer spesifik yang telah dirancang dengan target gen
penyandi 16S-rRNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa populasi Chaetoceros yang
diuji terbagi menjadi 2 kelompok (kluster) utama yaitu kluster pertama yang
terdiri atas C. amami dan C. gracilis, dan kluster kedua yaitu C. calcitran, C.
ceratos, dan C. simplex.
Keywords: keragaman genetik;
Chaetoceros spp.; sekuen16S RNA
Penulis: Herlinah, Andi
Tenriulo
Kode Jurnal: jpperikanandd120669
