KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODE GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon
Abstract: Transgenesis pada
ikan merupakan sebuah teknik modern yang berpotensi besar dalam menghasilkan
organisme yang memiliki karakter lebih baik melalui rekombinan DNA gen target
termasuk gen anti virus dalam peningkatan resistensi pada udang. Gen anti virus
PmAV (Penaeus monodon Anti Viral gene) merupakan salah satu gen pengkode anti
virus yang berasal dari spesies krustase. Penelitian ini dilakukan untuk
mengetahui karakteristik gen anti virus yang diisolasi dari udang windu,
Penaeus monodon. Isolasi gen anti virus menggunakan metode Polymerase Chain
Reaction (PCR) dan selanjutnya dipurifikasi untuk sekuensing. Data yang
dihasilkan dianalisis dengan program Genetyx Versi 7 dan basic local alignment
search tool (BLAST). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen anti virus PmAV
yang berhasil diisolasi dari cDNA udang windu dengan panjang sekuen 520 bp yang
mengkodekan 170 asam amino. BLAST-N menunjukkan tingkat similaritas yang sangat
tinggi (100%) dengan gen anti virus yang ada di GeneBank. Komposisi asam amino
penyusun gen anti virus yang paling besar adalah serin (10,00%), sedangkan yang
terkecil adalah asam amino prolin dan lisin masing-masing 1,76%. Analisis
sekuen gen dan deduksi asam amino (BLAST-P) memperlihatkan adanya C-type
lectin-like domain (CTLD) yang memiliki kemiripan dengan gen C-type lectin yang
diisolasi dari beberapa spesies krustase.
Keywords: karakteristik;
sekuen DNA; detuksi asam amino; gen anti virus; udang windu
Penulis: Andi Parenrengi,
Alimuddin, Sukenda, Komar Sumantadinata, Andi Tenriulo
Kode Jurnal: jpperikanandd090386
