HUBUNGAN KEKERABATAN BEBERAPA POPULASI KERANG HIJAU (Perna viridis) DI INDONESIA BERDASARKAN SEKUEN CYTROCROME B mtDNA
Abstract: Penelitian ini
dilakukan untuk mengetahui hubungan kekerabatan stok kerang hijau (Perna
viridis) di beberapa perairan Indonesia sebagai informasi dasar bagi program
pemuliaan. Sampel kerang hijau yang berasal dari populasi alam perairan Tanjung
Kait, Kamal, Panimbang, Cirebon, Pasuruan, Kenjeran, dan Pangkep diambil secara
acak. Amplifikasi PCR dan sekuensing mitokondria daerah cytochrome B adalah HCO
(F): 5’-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA-3’ (26 bp) dan LCO (R): 5’-GGT CAA
CAA ATC ATA AAG ATA TTG G-3’ (25 bp). Sekuen DNA yang diperoleh digunakan untuk
analisis homologi, analisis genetic distance dan analisis kekerabatan. Hasil
analisis homologi susunan nukleotida berdasarkan BLAST-N terhadap sekuen mtDNA
Perna viridis yang tersimpan di Genebank menunjukkan similaritas 97%. Hasil
analisis didapatkan jarak genetik yang terdekat adalah populasi Tanjung Kait
dengan Kenjeran sedangkan jarak genetik terjauh adalah populasi Cirebon dengan
Kamal. Hubungan kekerabatan yang ditunjukkan dengan dendrogram diperoleh 2
kelompok yaitu 6 populasi membentuk satu kelompok dan populasi Cirebon
membentuk kluster tersendiri. Sekuens tersebut mungkin dapat digunakan sebagai
penanda dalam program breeding kerang hijau di Indonesia
Keywords: kerang hijau;
kekerabatan; populasi; sekuen; jarak genetic
Penulis: Achmad Sudradjat, Eni
Kusrini
Kode Jurnal: jpperikanandd100242
