KERAGAMAN GENETIK IKAN CAKALANG (Katsuwonus pelamis) DARI KABUPATEN JEMBRANA DAN KARANGASEM, BALI
Abstrak: Penelitian ini
bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik ikan cakalang (Katsuwonus pelamis)
yang ada di Kabupaten Jembrana dan Karangasem, Bali. Sampel DNA diambil dari 30
ekor di kabupaten Jembrana dan 30 ekor di kabupaten Karangasem. Ekstraksi DNA
dilakukan dengan menggunakan chelex 10%
dan amplifikasi menggunakan metode PCR dengan konfigurasi HotStart pada control
region DNA mitokondria, menggunakan primer
forward CRK dan primer reverse
CRE. Analisis filogenetika dilakukan dengan menggunakan metode Neighbor
Joining dengan model Kimura 2-parameter. Variasi dari setiap
sekuen diperoleh dengan menghitung jumlah, persentase dari tiap haplotipe,
keragaman haplotipe (hd) dan keragaman nukleotida (π) menggunakan program DnaSP
5.10. Analisis Fst (Fixation Index) berdasarkan frekuensi haplotipe menggunakan
Arlequin 3.1. Haplotipe pada sampel Jembrana berjumlah 28 haplotipe dan sampel
Karangasem berjumlah 15 haplotipe dengan nilai hd secara keseluruhan yaitu
0,997±0,006 dan untuk keragaman nukleotida (π) sebesar 0,04694. Nilai Fst yang
diperoleh yaitu -0,00334 dan Fst P sebesar 0,90918±0,0100, menunjukkan bahwa
populasi ikan cakalang di Kabupaten Jembrana dan Karangasem berasal dari
populasi induk yang sama.
Kata kunci: keragaman genetik, ikan cakalang (Katsuwonus
pelamis), Jembrana, Karangasem, keragaman haplotype
Kode Jurnal: jpbiologidd150381
