APLIKASI MARKA MOLEKULER PADA BUAH DAN BIJI KOPI ASAL KALIMANTAN TIMUR
ABSTRAK: Sifat kuantitatif
pada buah dan biji kopi memegang
peranan penting dalam seleksi
fenotip pada pemuliaan kopi.
Salah satu karakter yang dicari
pasar adalah ukuran buah dan
biji kopi. Pada
penelitian ini, 43 genotipe kopi dikoleksi dari empat kabupaten di Kalimantan
Timur yaitu Kabupaten Kutai Kertanegara, Kutai Timur, Berau dan Paser
Utara. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi karakter buah dan biji
kopi dengan menggunakan marka molekuler pada daerah QTL dan marka fenologi,
melihat variasi genetik dari alel yang dihasilkan kopi Kalimantan Timur,
analisis cluster, dan menganalisis asosiasi marka tersebut dengan karakter
berdasarkan observasi fenotip. Penelitian ini menggunakan 6 primer mikrosatelit
dan 4 primer EST berdasarkan QTL terpilih. Berdasarkan nilai polymorphic
information content (PIC) dari
marka molekuler yang
digunakan, diperoleh variasi
genetik yang rendah
pada kopi Kalimantan
Timur. Sedangkan dari
hasil analisis pengelompokkan teridentifikasi
dua grup yang terdiri atas grup Arabika yang berasal dari Kabupaten Kutai
Timur, Berau dan Paser Utara dan
grup Robusta yang
sebagian besar berasal
dari Kutai Kertanegara.
Terdapat asosiasi yang
signifikan dari primer
M480 dan M312 dengan
QTL sehingga marka
ini dapat digunakan
sebagai primer spesifik
terkait ukuran buah
dan biji kopi
yang potensial dalam
seleksi berbantu marka dalam program pemuliaan kopi.
Penulis: Fatimah, Urnemi, Apon
Zaenal Mustopa, Hudaida Syahrumsyah
Kode Jurnal: jpbiologidd140953
