KERAGAMAN GENETIK RUMPUT LAUT Eucheuma spp. DARI SUKABUMI, JAWA BARAT BERDASARKAN METODE RAPD PCR
Sari: Informasi tentang
keragaman genetik plasma nutfah sangat diperlukan untuk mendukung program
pemuliaan dan upaya konservasi. Metode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
telah digunakan untuk mengetahui keragaman genetik rumput laut Eucheuma spp di
Sukabumi, Jawa Barat. DNA dari sampel rumput laut jenis Eucheuma spp diisolasi
menggunakan metode CTAB dan diamplifikasi dengan PCR-RAPD menggunakan dua
primer acak yaitu OPA-02 (5’- TGCGGAGCTG -3’) dan OPA-03 (5’- AGTCAGCCAC -3’).
Aplikasi penggunaan primer OPA-03 lebih banyak menghasilkan larik polimorfik
sehingga lebih sensitif. Penelitian ini menggunakan metode survei dengan
analisis deskriptif kualitatif di laboratorium. Hasil visualisasi DNA dari
kedua primer menunjukkan 119 pola larik yang terdiri dari 15 pola larik
polimorfik dan 104 pola larik monomorfik. Pola larik tersebut diterjemahkan ke
dalam bentuk data numerik (1/0). Program NTSYS-pc digunakan untuk membangun
pohon filogenetik.Hasil pohon filogenik secara umum dari kedua primer diperoleh
2 kelompok besar. Kelompok pertama terdiri dari Eucheuma cottonii dan Eucheuma
serra. Di kelompok kedua terdiri dari
Eucheuma denticulatum. Secara umum keragaman genetik dari 9 sampel
rumput laut Eucheuma spp dari Sukabumi, Jawa Barat memperlihatkan hubungan
kekerabatan yang rendah. Populasi-populasi yang berdekatan mempunyai
kecenderungan untuk membentuk satu sub-kelompok.
Kata kunci: Eucheuma spp,
genetik, RAPD
Penulis: Putri indah
Ayuningrum, Eddy Afrianto, Yuniar Mulyani
Kode Jurnal: jpperikanandd120084
