KARAKTERISASI GENETIK 5 STRAIN IKAN MAS (Cyprinus carpio) DENGAN METODE RANDOMLY AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD)
ABSTRAK: Ikan mas merupakan
ikan budidaya yang sudah tersebar luas di Indonesia dengan berbagai strain.
Sejak tahun 2002 ikan mas dihadapkan pada wabah Koi Herpes Virus (KHV) yang
menurunkan produksi dari tahun ke tahun, sehingga dilakukan upaya pemuliaan
ikan mas dalam rangka membentuk ikan mas tahan KHV. Penelitian ini dilakukan
untuk mengetahui karakter genetik induk ikan mas yang di koleksi oleh LRPTBPAT,
Sukamandi dalam rangka menyusun breeding program pembentukan ikan mas tahan
KHV. Ikan mas yang dikoleksi adalah strain Majalaya, Wildan, Sinyonya, Sutisna,
dan Rajadanu. Pengambilan sampel dilakukan dengan memotong sedikit bagian sirip
ekor dari 10 ekor ikan tiap strainnya, selanjutnya diekstraksi untukmemperoleh
genom DNA. Lima strain dianalisis dengan metode RAPD menggunakan 61 jenis
primer yangdiuji, hingga menghasilkan 24 primer yang monomorphic dan 9 primer
polymorphic, terdapat 6 primer yang konsisten muncul pada sampel uji. Hasil
analisis RAPD terhadap lima strain ikan mas menggunakan program TFPGA diperoleh
persentase polymorphic 67,71% (Majalaya) - 83,33% (Wildan dan Rajadanu)dengan
nilai heterozigositas terendah pada Majalaya (0,233) – dan tertinggi pada
Sinyonya (0,299). Jarak genetik 5 strain ikan mas berkisar (0,170-0,298),
dengan jarak terdekat antara Rajadanu dengan Majalaya dan terjauh antara
Majalaya dengan Sutisna. Hubungan kekerabatan berdasarkan analisis cluster
membagi 5 strain ikan mas menjadi 3 kelompok yaitu Majalaya - Rajadanu (I),
Sinyonya -Wildan (II), dan Sutisna (III).
KATA KUNCI: Cyprinus carpio,
RAPD, jarak genetik, karakter genetic
Penulis: Erma Primanita
Hayuningtyas, Khairul Syahputra, dan Didik Ariyanto
Kode Jurnal: jpperikanandd110485